Введение

Генеративные модели, используемые для разработки лекарств на основе структуры, часто ограничены определенной модальностью, что сужает их применение. В этой статье мы представляем FuncBind — фреймворк, основанный на компьютерном зрении, который генерирует молекулы, зависимые от цели, во всех атомных системах.

О FuncBind

FuncBind использует нейронные поля для представления молекул в виде непрерывных атомных плотностей. Он применяет модели генерации на основе оценок с современными архитектурами, адаптированными из области компьютерного зрения. Это независимое от модальности представление позволяет обучить единый унифицированный модель на различных атомных системах, от малых до крупных молекул, и обрабатывать переменные количества атомов и остатков, включая неканонические аминокислоты.

Преимущества FuncBind

FuncBind демонстрирует конкурентоспособные результаты в генерации малых молекул, макроциклических пептидов и петель, определяющих комплементарность антител, в зависимости от структуры цели. Также FuncBind успешно сгенерировал новые связывающие антитела посредством нового редизайна петли H3, определяющей комплементарность, на основе двух выбранных структур кристаллов.

Новый набор данных

В заключение мы представляем новый набор данных и бенчмарк для генерации макроциклических пептидов, зависящих от структуры.